La villa du Bardo est une  résidence d’été située sur les coteaux de Mustapha supérieur dont la construction remonte vraisemblablement au XVIIIe siècle. Elle aurait appartenu à un prince tunisien, le prince Omar ou Mustapha Ben Omar, exilé en Algérie. En 1830, la villa fût affectée au général Exelmans. Elle devint en 1846 la propriété de Monsieur Lichetlin, en 1851 de monsieur Baccuet, en 1868 de monsieur Grauby, et en 1874 de madame Aziza  Fao, fille de monsieur Bacri, un riche banquier. L’agha de Biskra, Ali Bey l’acquis en 1875, et l’agrémenta de belles fresques et de carreaux de faïences importés de plusieurs pays. Il   revendit la villa  en 1879 à monsieur Pierre Joret, dernier occupant de la villa, qui a effectué des extensions dans la partie basse, sans altérer l’unité architecturale de la bâtisse. A son décès, sa sœur, madame Frémont, céda la villa du Bardo à l’état français .Celui-ci décida d’en faire un musée de préhistoire et d’ethnographie algérienne, réplique du musée de l’homme à Paris, dont l’inauguration, en 1930, devait coïncider avec le centenaire de la colonisation française en Algérie. C’est à partir de cette période que d’autres corps de bâtiments ont vu le jour : l’administration, la demeure du conservateur, les réserves et laboratoire du CNRPAH…

La villa du Bardo est classée « monument historique le 1e Septembre 1985 et le 12 Novembre de la même année, le musée est classé musée national.

En 2009, un vaste chantier de restauration est entamé, après une étude qui dura trois ans. Il concernera, dans un premier temps, la partie abritant les collections de préhistoire, puis  le monument. Celui-ci  ouvrira ses portes en 2013, offrant au visiteur la possibilité d’admirer ce joyau architectural, qui est le monument ainsi qu’une exposition sur les dernières  découvertes archéologiques, située  dans la partie basse du musée.